Forest Stewardship Council^® (FSC^®), veikianti kaip tarptautinė nevyriausybinė organizacija, yra sukūrusi tarptautinę miškų sertifikavimo sistemą. Visi FSC ženklu pažymėti miškų, kurie tvarkomi pagal tarptautiniu mastu pripažintus FSC miškų sertifikavimo sistemos principus ir kriterijus, produktai yra sertifikuoti nepriklausomų ekspertų. Pagal FSC sistemą tropiniai, vidutinių platumų ir borealiniai miškai sertifikuojami pagal tuos pačius dešimt FSC principų, kurių kiekvienas detalizuojamas atskirais kriterijais. Devynis miškų tvarkymo principus ir kriterijus 1994 m. rugsėjį patvirtino FSC nariai įkūrėjai ir Direktorių taryba, dešimtąjį principą – FSC nariai bei Direktorių taryba patvirtino 1996 m. vasarį. Visi principai ir kriterijai periodiškai peržiūrimi ir koreguojami (paskutinį kartą FSC principai ir kriterijai peržiūrėti ir pataisyti 2008 m. kovo mėn.). Šis dokumentas (FSC principai ir kriterijai) yra vertinimo pagrindas, siekiant nustatyti, ar šalies, įmonės, privataus asmens ūkininkavimas miškuose atitinka atsakingo miškininkavimo reikalavimus.

    Siekdama suderinti aplinkosauginius, ekonominius ir socialinius aspektus, siekdama išsilaikyti kintančiomis medienos rinkos salygomis, VĮ Zarasų miškų urėdija 2003 m. spalio mėn. su Danijos bendrove „Nature, Ecology and People Consult“ (NEPCon) pasirašė Miškų tvarkymo sertifikavimo paslaugų sutartį, pagal kurią NEPCon įsipareigojo atlikti VĮ Zarasų miškų urėdijos patikėjimo teise valdomų ir naudojamų valstybinių miškų tvarkymo sertifikavimą bei kasmetines revizijas.

    Miškų sertifikavimo darbai buvo atlikti 2004 metų kovo mėnesį. Baigusi miškų sertifikavimo darbus, vertinimo komanda pateikė išvadą, kad VĮ Zarasų miškų urėdijos patikėjimo teise valdomų valstybinių miškų tvarkymas atitinka gero ūkininkavimo miške FSC Principų ir Kriterijų dvasią ir turinį.

    2004 m. lapkričio 3 d. Zarasų miškų urėdijai buvo suteiktas FSC miškų tvarkymo sertifikatas (SW-FM/COC-001350).

    Kiekvienais metais atliekami miškų urėdijos valstybinės reikšmės miškų, kuriuose pavesta vykdyti kompleksinę miškų ūkio veiklą, kasmetiniai auditai.

    2009 m. rugsėjo 21 - 22 d. UAB „Nepcon LT“, bendradarbiaujanti su JAV nepelno organizacija „Rainforest Alliance“ („SmartWood“ prekinio ženklo savininke bei FSC akreditacijos turėtoja), atliko FSC miškų tvarkymo bei gamybos grandies resertifikavimo darbus. Nuo 2009 m. lapkričio 3 d. urėdijoje galioja naujas FSC sertifikatas.